Celio,
A diferença de tempo entre inicializar e reiniciar o computador é devida a um novo recurso do Windows 8, chamado "Inicialização rápida", que vem ativado por padrão. Dessa forma, ao desligar o computador, é feito o logoff do usuário, e o sistema entra em hibernação. Na próxima inicialização, ao invés de recarregar todo o sistema, o Windows apenas retorna da hibernação e efetua novamente o logon do usuário, o que agiliza bastante o processo. Esse recurso não é utilizado ao reiniciar o computador. Ao reiniciar é efetuar um desligamento completo e uma inicialização completa, o que explica por que o reinício do sistema é mais demorado em comparação com a inicialização.
Você disse que a inicialização está lenta de forma geral. Você poderia medir o tempo que o computador leva para iniciar, apenas para termos uma noção do quando demora? Se possível, cronometre por etapas, por exemplo, por quanto tempo a tela com o logotipo do Windows é exibida, quanto tempo leva entre o momento que essa tela desaparece para dar lugar a tela Iniciar, quanto tempo leva para a área de trabalho ser liberada... Dessa forma poderemos identificar qual etapa estaria demorando mais do que o normal.
De acordo com o seu relato, é provável que o HD esteja mesmo atrasando a inicialização. No Windows 8 isso é normal até certo ponto. Se demora demais pode ser um indício de problemas no HD, mas isso é só um palpite. Eu cheguei a passar por esse problema, mas no meu caso tinha muito a ver com o fato do meu HD já ser bem velho, logo não dei muita importância, embora fosse bastante incômodo.